1997 yılında başlanılan kazıya Naci Bakırcı başkanlık etmiştir. Çalışmada dergâhın bulunduğu yerin Anadolu Selçukluları döneminde saraya ait bir gül bahçesi olduğu ve bu bahçenin Alâeddin Keykubad tarafından Mevlana'nın babasına hediye ettiği bilinmektedir. Çalışmalarda dolgu toprağında Anadolu Selçuklu çağına ait çini parçaları ile geometrik ve bitkisel bezemeli alçı parçaları bulunmuştur. Anadolu Selçuklu çağından kalan mozaik çini duvar kalıntısı ile mescit ve semahane olduğu tahmin edilen mimari buluntular, günümüzdeki XVI. Yüzyılda yapılan semahane ve mescitten önce de burada bir mescit ve semahane bulunduğu fikrini ortaya koymaktadır.